Nos governos da Nova República, o caráter ditatorial da universidade da ditadura foi mantido. Nos governos Collor e FHC esta característica acentuou-se inclusive de um ponto de vista formal.
A mesma estrutura burocrática e inclusive a mesma burocracia, que foi implantada pela ditadura na universidade continua em vigor. Este é o principal veículo da política de destruição da universidade por parte dos governos federal e estaduais, que através da cumplicidade da cúpula universitária (que assiste passivamente ao corte de verbas) aciona o plano de desmantelamento da universidade pública incentivando a rede privada do ensino.
Esta burocracia universitária que asfixia toda a liberdade acadêmica, através de seus regimentos internos, coloca à margem de decisão os principais interessados: professores, funcionários e os estudantes. Basta observar a forma que se adotou para a eleição de reitores, onde a única função das listas é garantir o respaldo da comunidade acadêmica para finalmente o governador escolher o reitor de sua preferência e a estrutura do poder continua a mesma: os estudantes e funcionários não participam na elaboração do orçamento, no destino das verbas, na elaboração dos currículos, no rumo das pesquisas etc. Continua nos postos de mando a mesma burocracia, constituída dos professores mais graduados, de carreira, mais conservadores, que procuram se apoiar na massa dos professores explorando em benefício próprio as suas tendências ao conservadorismo e os seus preconceitos de camada pequeno-burguesa.
A luta pela autonomia política da universidade visa a combater a dominação da burguesia e do imperialismo sobre a universidade e colocá-la a serviço dos interesses da classe operária na sua luta pela revolução e pela transformação socialista da sociedade. Esta luta tem como objetivo buscar a independência política da universidade frente ao Estado e ao grande capital.
A forma que assume a autonomia universitária é o controle político da universidade pelos três setores que a compõem: professores, funcionários e a maioria estudantil. Isto permite que a universidade decida sobre o seu destino em todas as áreas: pedagógica, administrativa, pesquisa, orçamentária, política, etc. de acordo com seus interesses, sem restrições impostas pelo Estado.
Somente o governo tripartite: professores, funcionários e a maioria estudantil é que poderá dar este caráter e imprimir nova vida à universidade.
O autogoverno para ser exercido efetivamente deve contar com a participação decisiva dos estudantes. Entre os elementos componentes da universidade, os estudantes representam o elemento revolucionário porque expressam o interesse geral da universidade como meio de reprodução da cultura e da socialização. Os professores são, neste sentido, o elemento mais conservador, porque privilegiado, da universidade e os funcionários se dividem entre os elemento proletário e o pequeno-burguês conservador. A idéia, veiculada pelos partidos burgueses e pela frente popular de que os professores devem dominar a universidade porque são participantes permanentes da vida acadêmica e, portanto, os estudantes devem ter seu peso político reduzido é não apenas conservadora, como abertamente contra-revolucionária porque está dirigida contra a mobilização do setor menos comprometido com o Estado e da esmagadora maioria da comunidade universitária. As propostas de paridade, defendidas pela centro-esquerda frentepopulista, são apenas uma forma atenuada da proposta da burguesia e expressam a debilidade de um setor minoritário da burocracia que busca o apoio dos estudantes na luta pelo controle da universidade.
A autonomia completa do Estado e do capital só virá quando a universidade estiver sob a direção da classe operária. A luta pela autonomia é a luta por colocar a universidade a serviço dos trabalhadores, transformando-a num instrumento de luta pela revolução proletária e o socialismo. O governo triparte é o meio político para concretizar este objetivo.